是的，有可能。經(jīng)過(guò)對(duì)一些典型水運(yùn)工程進(jìn)行測(cè)算：A.當(dāng)工程中石料（綜合抵扣率4.14%左右）等比重較大時(shí)，按增值稅計(jì)算的工程造價(jià)比按舊營(yíng)業(yè)稅計(jì)算的工程造價(jià)會(huì)上漲。B.象疏浚工程中柴油（16.15%）等比重較大時(shí)，可能會(huì)出現(xiàn)整個(gè)工程的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額比銷(xiāo)項(xiàng)稅額多，從而按計(jì)價(jià)程序計(jì)算出來(lái)的應(yīng)納稅額為負(fù)數(shù)。